Prova e definire IFS cosi`:

codice:
IFS="
"
Lo script modificato:

codice:
#!/bin/bash

SRC=$(cat $1)
LAN=$2

IFS="
"
for i in $(cat $LAN); do
LAB=$(echo $i | awk -F:: '{print $1}')
TRA=$(echo $i | awk -F:: '{print $2}')
SRC=$(echo $SRC | sed -e "s/${LAB}/${TRA}/g")
done
echo $SRC