Io consiglio di formattare la partizione principale - dove stanno i dati sia per windows che per linux in ext3 invece di fat32.

Il filesystem fat32 (nativo di windows), funziona sì bene in Linux ma non gestendo i permessi ed avendo il limite dei 4 GB per singolo file può dare in alcuni casi dei problemi.

La scelta del filesystem EXT3 (ovviamente con drivers per windows che si trovano in giro) è la scelta migliore..

Riguardo la distribuzione Linux anche SuSe non è male per i neofiti..