o lo fai con una paginetta asp:

codice:
<%
'compatta il database dbname
Function CompactDB(dbname, password)
  Dim dbpath
  dbpath = Server.MapPath(dbname)

  Dim cnfrom, cnto
  cnfrom = "Provider=Microsoft.Jet.OLEDB.4.0;Data Source="&dbpath
  cnto = "Provider=Microsoft.Jet.OLEDB.4.0;Data Source="&dbpath&".temp"

  'se il db è protetto da password...
  If password<>"" Then
    cnfrom = cnfrom&";Jet OLEDB:Database Password="&password
    cnto = cnto&";Jet OLEDB:Database Password="&password
  End If

  Dim engine
  Set engine = Server.CreateObject("JRO.JetEngine")
  'compatta il database
  engine.CompactDatabase cnfrom, cnto

  Dim fso
  Set fso = Server.CreateObject("Scripting.FileSystemObject")
  'il db originale viene eliminato
   fso.DeleteFile dbpath
  'il db appena compresso viene rinominato col nome del db originale
  fso.MoveFile dbpath&".temp", dbpath

  Set fso = nothing
  Set engine = nothing
End Function

'chiamo la funzione per la compressione del database
Call CompactDB("utenti.mdb", "")

Response.Write("Il DataBase è stato compattato con successo!")
%>
oppure lo scarichi, lo apri con access

Strumenti->utilità database->compatta e ripristina database

e poi lo rimetti online