putroppo credo di no... l'opzione File->save processing settings... salva le impostazioni generali ma non le operazioni effettuate su spezzoni di video.

Per ricomprimere il file devi selezionare video->full processing mode, andare in video->compression, selezionare un codec ed eventualmente impostarlo. E poi basta salvare.

Quale codec è stato usato per il file originale? Eventualmente puoi scoprirlo usando il programma GSpot.