Grazie Oregon

In effetti mi sono accorto anch'io dell'errore.
Le variabili sono state dichiarate come globali
char primaStringa[5];
char secondaStringa[5]; etc..

Quindi ho corretto il codice così
codice:
	cout << primaStringa;
	// Creo secondaStringa
	secondastringa = altreStringhe(primaStringa);
}

char altreStringhe(char Stringa[5])
{
	char tmpStringa[5];

	tmpStringa[0] = Stringa[2];
	tmpStringa[1] = Stringa[0];
	tmpStringa[2] = Stringa[3];
	tmpStringa[3] = Stringa[1];
             tmpStringa[4] = '/0';
	return tmpStringa;
}
e come mi dici faccio confusione fra char e puntatori. Volendo ottenere uno scenario come quello malamente da me illustrato, potresti aiutarmi a correggere l'impostazione del codice ?

Grazie e ciao