il problema può essere causato da un settaggio di PHP. nel file di configurazione php.ini c'è la clusola "register_globals" (On | Off), che permette di registrare alcune informazioni (cookies, sessioni, dati inviati in get e post) come variabili globali. ora, quest'opzione era di default abilitata nelle precedenti versioni di PHP, mentre nelle più recenti viene disabilitata per default per motivi di sicurezza, quindi è possibile che sul server nel quale risiede il sito abbiano aggiornato PHP ad una versione più recente e che quell'opzione sia disabilitata.

se leggi i cookies come normali variabili (es.: registri un cookie che si chiama "prova" e lo leggi come: $prova) il motivo potrebbe essere questo (anche se è strano che certe volte funzioni ed altre no.... in teoria non dovrebbe funzionare mai).