installa una debian o ubuntu se vuoi imparare a compilare il kernel
quella guida che stai seguendo è riferita ad un kernel 2.4 e non va bene
scarica l'ultimo kernel da kernel.org e scompattalo in /usr/src

poi puoi fare tutte le prove che vuoi senza fare danni

il kernel si compila dopo avere fatto make menuconfig con i comandi
make
make modules_install
e make install per installarlo
e se hai grub che punta di default a /boot/vmlinuz non devi nemmeno correggerlo ( assicurati di avere anche le voci che puntano al kernel attuale in /boot/grub/menu.lst

per i moduli io le prime volte leggevo gli help dei vari moduli
il kernel mette solo poche cose di default e devi aggiungere tutto te la prima volta
calcola comunque che le mettendo le periferiche di sistema ( processore filesystem chipset della mobo ( da ata/atapi ) in modo statico (*) e le periferiche audio video usb etc come modulo (M) hai buone speranze di vederlo partire
conoscere tutti i moduli è una impresa
per il sata ( dificile da trovare ad esempio) devi mettere statici i moduli che trovi nella sezione scsi nella sotto sezione low level driver )