Grazie.
Ho realizzato questo!
codice:
import java.util.*;
import java.io.*;

public class estraiLink {
	public static void main(String[] args) throws IOException{
		File file = new File("index.htm");
		Scanner input = new Scanner(file);
	
		while (input.hasNextLine()) {
			String prova = input.nextLine();
			int start = 0, end = 0;					

			String iniziale = "<A HREF=\"";
			String finale = "\"";

			start = prova.indexOf(iniziale);
			if (start != -1) { //se trova un link
				start = start+iniziale.length();
				end = prova.indexOf(finale, start);
				System.out.println(prova.substring(start, end));
			}
		}
	}
}
L'unico problema che mi rimane è che nelle pagine posso trovare scritto "A HREF" oppure "a href" per cui il mio metodo non li rileva entrambi....è facile metterci un "IgnoreCase"?