Google, secondo la mia esperienza, tende a trattare i siti sullo stesso IP come siti a se stanti (stiamo parlando di due siti diversi spero e non la copia l'uno dell'altro, giusto?).
Io non mi fiderei comunque ad effettuare un interscambio forte di link tra due siti.
La logica suggerisce però che se 2 siti sullo stesso IP (ma anche con IP diverso) si scambiano molti link, Google si insospetisce. Se la cosa non è chiara e più che giustificata, secondo me rischi.
Google riconosce la "stessa mano" di chi ha fatto il sito non solo per l'IP o la stessa classe IP, ma anche per l'ID AdSense, navigazione tramite toolbar, Whois, in certi casi anche per similarità di layout. Io non ci scherzerei.