Direi che innanzitutto c'è da definire in modo logico e razionale la struttura di markup della tabella, magari utilizzando strumenti quali colgroup [ http://www.w3.org/TR/html4/struct/tables.html#h-11.2.4 ] per raggruppare coerentemente dei dati. Tramite il DOM javascript, poi, il passo sarà breve.

Ragioniamo quindi in primis sull'XHTML: ce ne fornisci un estratto?