Scusa, mi sono sbagliato...ti sto creando delle cartelle non dei file...scusa...cancella tutto.

Codice nuovo e corretto:
codice:
int i;
char cmd[20], nF[20];
FILE *pF; // puntatore al file

// Questo ciclo ti crea tanti file quanto è N
// All'interno devi inserire (dopo l'if) le istruzioni per inserire le informazioni nel file
for (i=0; i<N; i++) {
    sprintf(nF, "%d.txt", i);
    if((pF=fopen(nF, "w"))==NULL) // Se la creazione del file fallisce, termino il programma
        exit(1);
}
funzione anche sotto linux.

sprintf permette di inserire nel contenuto di una stringa il valore di una variabile, che in questo caso cambia ad ogni ripetizione del ciclo.

system la utilizzi per far eseguire al programma i comandi della shell (prompt in windows).