Se vuoi farlo partire all'avvio, nella cartella /etc/init.d devi inserire un file che all'interno contenga il percorso dell'eseguibile

ad es

touch /etc/init.d/nomeprogramma
echo "/usr/bin/nomeprogramma" > /etc/init.d/nomeprogramma

poi devi rendere il file creato eseguibile, con gli stesi permessi degli altri nella cartella init.d. Per essempio, fai

chmod ug+x /etc/init.d/nomeprogramma

a quel punto devi creare un link simbolico all'interno di /etc/rc.2, rc.3 ... dipende da quale rc utilizzi durante la partenza del sistema. Copialo in 2 3 4 per andare sul sicuro..
Il comando per il link simbolico mi sembra sia

ln -s /etc/init.d/nomeprogramma /etc/rc.x/nomeprogramma

oppure clicchi col cursore del mouse sul programma e fai drag&drop su start->accessori->esecuzione automatica (..sto scherzando..)

..scusa per eventuali inesatezze sui nomi delle cartelle o altro, ma non ho al momento di fronte a me un sistema linux su cui controllare

Ciao
Dany