Io credo che in tutto ciò ci sia un fondo di verità in questo senso:
se il tuo dominio risolve anche senza il www, ci sarà chi ti linka con
www.nomedominio.com
e chi con
nomedominio.com

Ora, se tu metti tutti i link assoluti ottieni che anche chi ti linka senza il www poi trova soltanto link al sito con il www (o viceversa) e questo avrebbe un senso, ma...

allora non è molto meglio mettere un redirect 301 dalle pagine del sito senza www alla stessa pagina del sito con il www? Così facendo non avresti la minima dispersione di PR e tutto funzionerebbe corettamente.

IO l'ho fatto, il controllo viene fatto tramite uno script phpche si trova in un file richiamato in tutte le pagine del sito.