Lancio l'applicazione 1 e la metto full screen (Alt+Invio).

Questa applicazione, ad un certo punto ha qualcosa del tipo:

codice:
IF tasto_premuto=='e' RUN(txt2xml.exe nomefile.txt);
All'atto del lancio, l'impostazione full-screen svanisce e l'applicazione ritorna ad essere una finestra di windows.
C'è modo di far lanciare txt2xml (l'applicazione fatta da me in java) in maniera invisibile (stile: servizio di windows che si apre e si chiude senza lasciare traccia)?