Magari e` il contenitore ad essere "basso".Ma per fare una analisi corretta, occorre sapere qualcosa di piu` della pagina.
Probabailmente devi dare
height: 100%;
ai blocchi: html, body e a tutti i blocchi intermedi che contengono quello da allineare in basso.
Per una verifica da' un colore di sfondo (diverso) a tutti i blocchi.