prova ad inserire i parametri dentro una stringa, io l'ho chiamata settings, se non funziona fai allora una display a video della settings per vedere se i parametri sono quelli che ti aspetti:

function PopupCentrata() {
var width = 705;
var height = 460;
var left = Math.floor((screen.width-width)/2);
var top = Math.floor((screen.height-height)/2);
var settings="width=" + width + ",height=" + height + ",top=" + top + ",left=" + left + ", toolbar=no, location=yes, status=no, menubar=no, scrollbars=no, resizable=no"
window.open("","PopUpCentrata",settings);
}

anche se, mi chiedo perchè non puoi unire le due funzioni e scriverne una sola come nel seguente caso:

function PopupCentrata() {
var width = 705;
var height = 460;
var left = Math.floor((screen.width-width)/2);
var top = Math.floor((screen.height-height)/2);
var settings="width=" + width + ",height=" + height + ",top=" + top + ",left=" + left + ", toolbar=no, location=yes, status=no, menubar=no, scrollbars=no, resizable=no";
document.ilForm.action="........php";
window.open("","PopUpCentrata",settings);
document.ilForm.numero.value='1';
document.ilForm.totale.value='15';
document.ilForm.data.value='060606';
document.ilForm.submit();
}