Vuescan...
Ma inanzi tutto che scanner hai?
Accedi ad un filtro di importazione dedicato o stai usando il TWAIN32?
Se stai usando un driver con filtro dedicato, indicando il modello di scanner potrebbe essere più facile aiutarti.

Alcuni scanner individuano l'area dove ritengono sia presente l'immagine da acquisire: per modificare l'area dovrebbero essere presenti delle maniglie agli angoli della preview da trascinare per fargli prendere l'area più ampia possibile.

Puoi importare l'immagine facendo fare l'acquisizione direttamente al tuo sistema operativo, oppure in alcuni casi anche direttamente all'interfaccia software dello scanner.

Comunque come vedi per aiutarti, marca, modello e sistema operativo sarebbero utili...