L'apertura di nuove finestre e` tuttora un argomento non chiarito da parte del W3C, e le opinioni no sono concordi.
Da un lato ci sono effettivamente alcuni problemi pratici:
- il cattivo uso dell'apertura di finestre operato da webmaster prezzolati e senza scrupoli
- il problema che si trova ad affrontare chi naviga con browser leggeri
- il problema di accessibilta`
Dall'altro ci sono esigenze e casi in cui obiettivamente si semplificano le cose con un popup; oltre a quello da te evidenziato (che io non reputo tra i piu` importanti), ci sono (ad esempio):
- l'aiuto nella compilazione di moduli (form) in cui occorre trovare un termine esatto tra una scelta molto ampia (ad esempio un comune, data la provincia)
- l'inserimento di date a partire da un "calendario", ecc.

Attualmente si consiglia di usare una cosa del tipo:
testo del link (si apre in una nuova finestra)
(spero di non aver fatto errori)

Come vedi se uno non ha JS abilitato, il link si pare nella stessa finestra, altrimenti si apre una nuova.
E l'utente e` avvisato in anticipo, cosi` puo` regolarsi.