per l'ftp esistono diverse soluzioni:

1. puoi usare le funzioni di ftp di php.
2. esistono gli script ftp, a quel punto metti l'autenticazione all'interno dello script ftp.

Se non erro avevo postato tempo fa una soluzione del genere, non ricordo se su questo forum o su quello di linux, comunque puoi trovare facilmente queste info con google

ciao