Ok, grazie ancora a tutti.

Però il mio era un esempio.

La domanda è: esiste un modo per passare nome utente e password da php a un qualsiasi comando di shell che lo richieda?
Quello dell'ftp era un esempio che si risolve con gli script per ftp, a me servirebbe una soluzione generale che non ricorra a script particolari specifici per l'applicazione richiesta.