Per fare ciò devi fare un controllo sul file uploadato

//questo istanzia il tipo di file da caricare "quindi il mime"
$allowed_types = array("image/jpeg, altri mime");



//Questa è la condizione per bloccare il caricamento del file:
if(!in_array($_FILES["uploadfile"]["type"],$allowed_types)) {
print "Spiacente il formato del file nn è valido le ricordiamo che può caricare solo file jpeg";
} else {

...continua ad uploadare il file