Se la tua versione di mysql supporta le subquery puoi anche avere direttamente il totale

codice:
select sum(conto) as totale from (
SELECT COUNT (autoeval) as conto FROM user_cp_1 WHERE utente = '$user[username]' AND autoeval = 'happy'
UNION
SELECT COUNT (autoeval) as conto FROM user_cp_gen WHERE utente = '$user[username]' AND autoeval = 'happy') as tabDeriv
il risultato lo trovi nell'alias totale e per rispondere alla tua domanda di prima lo recuperi allo stesso modo in cui recuperi tutti i dati dalle query.ciao.