I dati in sessione non dovrebbero darti problemi in quanto io stesso uso fpdf unitamente a dati provenienti da sessioni. Controlla piuttosto di non avere altro output prima della produzione del pdf... anche un semplice invio o blank sono output html che inficiano l'invio (con relativa segnalazione) degli headers di fpdf. Per comodità (di navigazione) comunque i pdf li creo in popup piuttosto che nella pagina corrente.