L'.htaccess devi metterlo in root.

Lui praticamente va a riscrivere i file che ci sono in root all'interno della cartella.
Se elimini la prima regola puoi anche evitare di fare una copia dei file.

In quel caso se cerchi di aprire

http://miosito/cartella/prova.sds

i server restituisce

http://miosito/prova.sds

Quindi se all'interno di prova.sds esistono dei link verso la same dir (vedi A href="pippo.html") e l'utente apre http://miosito/cartella/prova.sds tutto funzionerà adeguatamente perchè all'apertura anche i collegamenti saranno riscritti.

Es, da http://miosito/cartella/prova.sds il link a pippo viene risolto in http://miosito/cartella/pippo.html.
Quando il browser fa la richiesta viene nuovamente intercettata e riscritta con http://miosito/pippo.html.

Praticamente se tieni solo la seconda regola crei una falsa copia della root, che poi da quello che ho capito è quello che vuoi fare :master:

Per quanto riguarda le pagine che non trova non ne ho idea...
devi dare un occhiata qui