Io personalmente utilizzo la linea di comando tramite exec. Lo faccio con postgreSql ma credo non ci siano problemi ad adattarlo a MySql:
codice:
try {
    Process p = Runtime.getRuntime().exec("C:"+File.separator+"Programmi"+File.separator+"PostgreSQL"+File.separator+"8.1"+File.separator+"bin"+File.separator+"createdb nomedb --host=localhost --username=username");
    try {
	p.waitFor();
    } catch (InterruptedException e) {
	e.printStackTrace();
    }
} catch (IOException e1) {
    e1.printStackTrace();
    JOptionPane.showMessageDialog(null,"Impossibile creare database");
}
Cioè utilizzo il comando createdb messo a disposizione da PostGreSql.

CIAO