Secondo me il problema e` un altro.
Per vederlo da' uno sfondo diverso al #container: dovrebbe risultare che il #menu si posiziona correttamente in basso, ma il #container e` alto non piu` del #menu.

Poi prova a dare una altezza al #container (piu` alta del #menu) ...

A seconda di come e` fatto il resto della pagina, puoi dare l'altezza anche in %, ma in tal caso devi dare l'altezza 100% anche al <body> e all'<html>.