Basta che apri la nuova immagine ed imposti lo sfondo come trasparente, poi disegnaci quel che ti pare.

Una funzione molto utile è poi quella che ti permette di impostare la sfumatura dei bordi delle gif. Le immagini di questo tipo infatti, usano solamente 256 colori al massimo e pertanto, possono avere delle fastidiose seghettature nei bordi. La funzione in questione si chiama "matte" (in italiano non lo so) ed appare nel menu di conversione delle immagini in GIF. Si possono impostare i colori in modo da adattare i bordi delle gif, in funzione del tipo di sfondo su cui andranno posizionate (chiaro, scuro, medio ecc..)

Spero d'essere stato chiaro ma, se ti serve aiuto, non esitare a chiederlo.