Credo che dipenda dall'eseguibile di php.
Un anno fa avevo fatto una prova con php-gtk.
Nel pacchetto delle gtk c'è un eseguibile di php, mi pare php-win che è fatto appositamente per non aprire finestre del prompt.
So che non è un granchè, ma è l'ultima cosa che mi viene in mente.
Spero che possa funzionare!