Dovevi mostrare questo codice sin dall'inizio ... il problema non e' nel conteggio dei caratteri presenti nella stringa.

Il fatto e' che i caratteri dopo lo spazio NON sono inseriti nella stringa da parte della scanf.

Al posto della linea

scanf("%s",stringa);

devi inserire la linea

fgets(stringa, 99, stdin);

In questo modo, tutti i caratteri (compresi gli spazi) sono inseriti nella stringa e possono essere contati in seguito.