Dovevi mostrare questo codice sin dall'inizio ... il problema non e' nel conteggio dei caratteri presenti nella stringa.
Il fatto e' che i caratteri dopo lo spazio NON sono inseriti nella stringa da parte della scanf.
Al posto della linea
scanf("%s",stringa);
devi inserire la linea
fgets(stringa, 99, stdin);
In questo modo, tutti i caratteri (compresi gli spazi) sono inseriti nella stringa e possono essere contati in seguito.