Puoi farlo, ma quando poi vai a re-installare il sistema operativo, i software installati su un'altro disco (o comunque partizione) non andrebbero, perchè il 99% dei software non mette i suoi file solo nella cartella "Programmi\nomedelsoftware" ma anche in cartelle di sistema di windows e anche e soprattutto nel registro di sistema.
Non è impossibile, basta allora cambiare posizione a dove vanno a finire queste cose.
regedit->user shell folders
e da qui ad esempio sostituisci il percorso di AppData che è dove ad esempio il client mail salva le email e i programmi mettono le loro configurazioni.
Per me l'idea è buona