Tramite php sono dubbioso nel senso che php, essendo lato server, non dovrebbe riuscire a capire che finestre hai aperto e a controllarle.

ma se fai window.opener.reload(); non lo fa vero?

Se non ricordo male, ho aperto anche un post in JS, era proprio un bug CONOSCIUTO di IE... che mi aveva costretto a fare in un'altro modo:

Nella pagina base metti una funzione di reload

Nella pagina che si apre , per reloaddare la pagina sotto, richiami la funzione della pagina sotto (window.opener.funzione_di_reload())