ho risolto, posto il codice che ho trovato nel caso servisse a qualcuno
<html>
<head>
<title>floating DIV</title>
<script language="javascript" type="text/javascript">
function centra()
{
var hC=document.body.clientHeight;
var wC=document.body.clientWidth;
//Scusa ma è venuta da se il nome della variabile... hehehe
fD = document.getElementById("floatingDiv");
fD.style.top=(hC/2)-(fD.offsetHeight/2)+document.body.scrollTop;
fD.style.left=(wC/2)-(fD.offsetWidth/2)+document.body.scrollLeft;
}
</script>
</head>

<body>

<input type="button" onClick="centra();" value="OK">
<div id="fixedDiv" style="background-color: navy; width: 1000px;
height: 1000px;"></div>

<div id="floatingDiv" style="z-index: 999; position: absolute;
background-color: yellow; width: 100px; height: 100px;"></div>
<input type="button" onClick="centra();" value="OK">

</body>
</html>