allora, per quanto riguarda la pubblicazione al 100%, lo devi fare dalle impostazioni di Flash (Impostazioni di pubblicazione, poi vai nella scheda HTML), ci sono le opzioni per decidere se pubblicare in percentuale oppure alla risoluzione corretta... dovresti controllare e smanettare un pochino con le impostazioni per vedere i risultati

per quanto riguarda la popup, ok... non avevo capito che si trattava di codice scritto sulla pagina html... pensavo richiamassi la popup direttamente da Flash... io ho scritto un codice da poco che fa esattamente quanto ti ho detto... però se non hai sufficienti conoscenze di AS, credo che sia un po' difficile da manipolare... te lo segnalo ugualmente -> http://www.v2online.it/articoli/flash-popup.html

per quanto riguarda il tuo codice, non saprei se sia una cosa fattibile... ma la cosa dovrebbe "svolgersi" in questo modo

- apri la finestra da flash come già fai e ne registri il nome (che dovresti conoscere) in una variabile globale (dipende da come apri attualmente la finestra)
- al tasto successivo aggiungi il codice javascript per chiudere la finestra precedente, mi pare di ricordare che sia una cosa tipo "window.close('nome_finestra')"

ultima cosa... quella dei metatag... non l'ho capita, cosa centra con le richieste precedenti?