Si, termina il processo...
Io ho provato a fare così:

...
start file2
pause
taskkill /IM CMD.EXE /T
pause
...

/im perchè specifico il nome dell'immagine
/t per uccidere i figli

però non credo sia corretto (il risultato è ok.... sul mio pc), genera un'errore, lecito, ossia un "processo non può autoterminarsi"....