L'unica cosa che puoi fare se proprio ti danno fastidio i 'buchi' e svuotare la tabella e reinserire tutti i record (a patto che i nuovi id che verranno generati non siano correlati ad altre tabelle, altrimenti manderesti tutto a ...non si può dire)

codice:
create temporary table temp
select * from tabella
order by id;

truncate table tabella;

insert into tabella
(elenco dei campi senza id)
select elenco dei campi senza id
from temp;