ciao Cecedj, probabilmente stai facendo un pò di confusione.
JavaScript (da non confondere con Java, che è un linguaggio di programmazione vero e proprio) e PHP non sono due linguaggi comparabili: essi, infatti, agiscono in ambiti diversi.
JavaScript è eseguito direttamente dal browser e ne puoi visualizzare gli effetti "in tempo reale" (pensa, per esempio, ai controlli sui contenuti di un form... eventuali errori ti vengono notificati immediatamente). PHP, invece, è eseguito lato server: codice PHP è quello che, per esempio, si connette a un database e ti mostra i libri disponibili su Amazon per un determinato genere letterario.
sicuramente, sia eBay che YouTube fanno uso di (un ottimo codice) JavaScript: sinceramente, però, ignoro cosa utilizzino a livello di scripting lato server (potrebbe essere PHP, oppure ASP, oppure JSP o qualsiasi altro linguaggio che possa generare dinamicamente una pagina web).

ti linko un paio di guide dalle quali partire per chiarirti un pò le idee:

http://php.html.it/guide/leggi/99/guida-php-di-base/, per PHP
http://javascript.html.it/guide/legg...cript-di-base/, per JavaScript

ciao, spero di esserti stato utile. :)