Boh, hai provato con str_replace?:
Codice PHP:
$testo = file_get_contents('lista.js');
$old = '["'.$_POST['oldtitle'].'", "/paginabase.php?id='.$_POST['id'].'"]';
$testo = str_replace($old,'',$testo);
// poi fai quello che devi fare, stampi il cod, etc