Cerchiamo di capire una cosa: nel momento in cui il browser ti manda l'output (html, CSS, javascript e quant'altro) a schermo, PHP è morto e sepolto: il server ha già interpretato il codice PHP, fatto le suo porcate e mandato l'eventuale output che verrà (o potrebbe essere) mostrato a video.
Quindi, la tua domanda ha senso 0: nel momento in cui arrivi ad eseguire quel JS, PHP ha finito da un pezzo e sta a prendersi il caffé e l'amaro aspettando la prossima richiesta. Il che vuol dire che quel valore generato in JS glielo passi per esempio in un form oppure in querystring alla successiva richiesta.