dipende dall'utilizzo che ne devi fare, il fat32 o vfat di norma è utilizzato esclusivamente se la partizione deve poter essere "condivisa" da linux come da windows, altrimenti è un file system abbastanza vecchio e direi superato sia nelle prestazioni che nelle caratteristiche.

se non hai necessità di questo tipo, puoi prendere in considerazione anche reiserfs, sia ext3 che reiserfs sono journaling e quindi molto più sicuri di fat32.