Col css dovresti impostare all'oggetto flash uno z-index:1; o comunque un valore minore di 100.
Potrebbe non funzionare lo stesso a causa del fatto che flash è un plugin... In questo caso devi aggiungere all' avvio di lightbox di nacondere il flash con display:none; e di far ricomparire l'oggetto quando si clicca su chiudi.