1) Succede con la quasi totalità dei programmi che girano su Macintosh ed è da molti ritenuto uno dei più grandi vantaggi rispetto all'interfaccia di Windows e simili, quella di sfruttare il desktop e l'integrazione dei menu delle applicazioni con quello del Finder, cose da anni presenti nei sistemi operativi della Apple (forse siamo nell'ordine dei 15 anni o giù di lì...).

2) Questa non l'ho capita mica molto bene... :master:
Su Apple OS (come si sarà già resa conto...) la riduzione ad icona delle finestre funziona in maniera completamente diversa che su Windows, ma le finestre si posso ridimensionare come più gli pare e piace.

Il Dock contiene le icone sia degli applicativi aperti, sia le icone delle finestre ridotte, oltre a contenere una selezione degli applicativi a piacere e sempre l'icona del Finder (la prima sulla sinistra) e il cestino (l'ultima sulla destra). Un'altra funzione per poter avere sotto controllo finestre ed applicativi in un'unica vista di insieme è Exposé, cofigurabile da Preferenze di Sistema (l'icona la trova nel dock). Infine il comado Alt+click del mouse fuori della finestra dell'applicativo in primo piano, rende l'applicativo invisibile, ma è possibile richiamarlo cliccando sull'icona relativa al programma presente sul dock.

Comunque per il primo problema, se proprio ci tiene ad un fondo grigio per le finestre delle applicazioni, l'unica soluzione è quella che ha già adottato, che io sappia...