questo problemaa di solito si manifesta quando hai un codice di questo tipo:
<a href="#" onclick="window.open...">

In altre parole richiami un metodo dell'oggetto window che fa aprire la nuova finestra, ma al tempo stesso richiami il collegamento (link) alla pagine indicata nell'attributo href, che è appunto quanto ci si aspetta succeda cliccando sull'elemento a.

Per modificare questo naturale comportamento dell'elemento a ti basta aggiungere l'istruzione "return false" al gestore di eventi onclick:
<a href="#" onclick="window.open...;return false">

Nota anche che il tuo collegamento funziona però solo con javascript attivo e su browser che lo supportano. Meglio sarebbe assegnare lo stesso link anche all'attributo href, in modo da consentire a tutti di aprire la pagina:
<a href="mia_pagina.html" onclick="window.open...;return false">