da riga di comando puoi usare diverse soluzioni, kill ad esempio, man kill per avere tutte le informazioni del caso.

KDE prevede uno shortcut da tastiera per killare un'applicazione bloccata, se non erro dovrebbe essere ctrl+alt+esc, immagino che anche per gnome esista un qualcosa di similare, ma lascio la palla a chi è più esperto di questo DE.