Il blocco del contenuto attivo avviene solo in locale ( quando il sito è sul tuo computer ) dopo aver installato il sistem pack 2. Discorso a parte per gli activex veri e propri, che normalmente vengono bloccati anche su internet.
Se non vuoi questi (inutili) avvisi prova a vedere tra le opzioni di IE, oppure installa un webserver usando ad esempio easy php, che automatizza tutto e installa anche php e mysql.
PS:questi avvisi compaiono solo con IE, usando Mozilla Firefox od Oper non ci sono.
E per quanto riguarda dli script, USALI, ma rendi il tutto scalabile ( ovvero il sito deve essere navigabile anche senza script )