se usi qualche IDE molto probabilmente troverai qualcosa come "build path" o "classpath" nelle proprieta' del progetto dove specificare le librerie (i jar) necessari alla compilazione/esecuzione del progetto...

se invece fai tutto da riga di comando e compili "a mano" con javac, credo che tu debba specificare sulla tua riga di comando (con un apposito parametro che non ricordo) il percorso di tutte le librerie, o forse solo la cartella dove sono contenute tutte le librerie a cui devi fare riferimento (ancora una volta non ricordo).
stessa cosa quando avvii l'applicazione da riga di comando con "java".