a linea di comando devi usare l'opzione -classpath e specificare tutti i jar (con il relativo path) che usi.
Attento che non basta specificare la cartella: deve esserci anche il nome completo (la cartella la si specifica per i file .class).

Altro accorgimento: gli IDE hanno delle proprie regole di precedenza per i JAR (tipo: Eclipse usa l'ordine con cui compaiono nelle proprietà del progetti), application server o servlet container altre regole ancora (Tomcat, per esempio, uso un ordine lessicografico partendo da WEB-INF/lib e poi CATALINA_HOME/common/lib etc etc) mentre per la linea di comando conta l'ordine con cui elenchi i vari JAR.

Questo significa che se hai file jar diversi (come jar1.jar e jar2.jar) e al loro interno hai una stessa classe con lo stesso package, puoi avere problemi usando IDE diversi o facendo un semplice deploy! Per questo è sempre consigliato avere JAR che contengono, tra loro, classi diverse!

ciao!