Ho risolto.
In poche parole la registrazione dell Onload avviene una volta sola al caricamento della pagina che la chiama e sembra non ci sia modo di riapplicare window.onload senza dover ricaricare tutto (ovviamente essendo un evento legato alla finestra, quando questa è caricata lo fa una volta sola)...

Quindi ho messo la pagina coi frame dentro un altro frame e un contatore esterno in un modulo che si incrementa ad ogni chiamata della funzione dell' onload. Così basta ricaricare ad ogni timer la pagina coi frame più interna. E' complicato d spiegare ma funziona, anche se è veramente poco elegante come soluzione....

Quali altri modi ci sono secondo voi?