2) si ti perdi il mountpoint per la home al punto 6 eventuali file nascosti in /home con il comando al punto 3. Se hai solo le cartelle utente in /home tutto a posto, ls -al /home, altrimenti copia anche i nascosti. Vedi risposta 3 per il mountpoint.

3) Si rmdir ti dice che non è vuota. Al suo posto usa rm /home -rf ma occhio a quello che scrivi, tieni le dita bene distanti da enter fino a che non sei sicuro di quello che hai scritto Io ad esempio per sicurezza scrivo le opzioni dannose come -r e -f per ultime.
Ricordati però di ricrearla vuota dopo averla eliminata, mkdir /home, altrimenti il sistema non trova il mountpoint.

4) no, cp non mantiene i permessi eccetera. usa l'opzione -a al posto di -r (archive - man cp) per copiare ricorsivamente, mantenere gruppi permessi ecc, mantenere consistenti i link simbolici.

Circa xfs non saprei dirti.