ciao sachertorte, provo a risponderti io per quanto ne so in attesa di qualche esperto

il file system xfs non l'ho mai usato, mi pare comunque che abbia delle ottime caratteristiche come velocità e pare anche stabile, naturalmente dico questo in funzione della documentazione letta e non per esperienza personale, aspetta qualche consiglio più particolareggiato

per quanto riguarda la terza domanda puoi cancellare la directory, nello specifico /home, in maniera ricorsiva, altrimenti non ti permette la cancellazione in quanto essa non è vuota (come supponevi)
non useresti rmdir piuttosto un semplice rm, quindi dovresti semplicemente aggiungere qualcosa del genere:

codice:
rm -r /home
eventualmente valuta la possibilità di usare anche -f (force) come opzione, man rm per i dettagli.

per quanto riguarda il copiare la directory i permessi vengono reimpostati (se non sbaglio) su quella copiata, che quindi non mantiene li stessi della cartella di origine.

i permessi di /home, dovrebbero essere 777, comunque ti sarà facile verificare ls -l /home

la procedura in se mi pare che va bene, non so se ti stai perdendo qualche pezzo visto che non ho mai provato, ti sarei grato se ci facessi un resoconto finale, mi è di molto interesse