Gli unici file che cominciano con "." in /home sono "." e ".."
...non mi risulta vadano copiati

nel caso non ho ancora capito come copiare i nascosti
se qualcuno me lo dice mi fa un favore

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Per quanto riguarda XFS, viene fornito anche il tool di deframmentazione.... fastidioso ma viste le performance lo provo lo stesso e vi so dire prossimamente se esplode qualcosa
Ho trovato anche questo su XFS se a qualcuno interessa

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Confermo i permessi 755 per la /home
le directory in essa contenute copiate con cp -a non dovrebbero dare problemi